Biomarqueurs microbiens de la colonisation précoce à Pseudomonas aeruginosa chez les enfants atteints de mucoviscidose

Les infections pulmonaires chroniques sont la cause principale de morbi/mortalité chez les patients CF (cystic fibrosis= mucovisidose). La primocolonisation à Pseudomonas aeruginosa est un tournant clé dans la maladie car elle est corrélée à l'aggravation de l’atteinte pulmonaire. A ce jour, aucun critère prédictif du risque de colonisation précoce à P. aeruginosa n’a pu être déterminé. Or, il est prouvé que plus la prise en charge de l’infection respiratoire est précoce, meilleur sera le pronostic des patients. Le dépistage du risque de colonisation précoce à P. aeruginosa est donc une priorité dans la mucoviscidose.
Le microbiote est un déterminant majeur dans de nombreuses maladies. Il est désormais reconnu qu’il existe un microbiote résident pulmonaire, y compris chez le sujet sain. Comme la dysbiose respiratoire (déséquilibre de l'écosystème bactérien) survient tôt chez les patients CF, nous avons fait l'hypothèse que certaines bactéries du microbiote respiratoire sélectionnées à un âge précoce avaient un impact sur l'acquisition de P. aeruginosa. L’analyse du microbiote respiratoire de 34 patients CF (étude MUCOBIOME) nous a permis de révéler le rôle potentiel de Porphyromonas en montrant que lorsque Porphyromonas est en faible abondance, les patients ont 3.7 fois plus de risque de se coloniser par P. aeruginosa (Keravec 2019). A l’inverse, l’augmentation de l’abondance de Porphyromonas est corrélée à l’amélioration fonctionnelle respiratoire (Bernarde 2015). Lors d’une étude pilote chez 25 nourrissons CF, nous avons quantifié par qPCR Porphyromonas catoniae (principale espèce du genre Porphyromonas identifiée dans le microbiote respiratoire CF) dans les expectorations induites recueillies de 2 à 24 mois et montré que la colonisation par Porphyromonas est (i) mature à l'âge de 12 mois chez la majorité des nourrissons CF (ii) stable chez les nourrissons restant exempts de P. aeruginosa (iii) diminuée chez les nourrissons colonisés précocement par P. aeruginosa et ceci préalablement à la colonisation par P. aeruginosa. Sur la base de ces résultats, nous posons les hypothèses suivantes : (1) P. catoniae fait partie du microbiote pulmonaire résident (2) La colonisation de l’arbre bronchique par P. catoniae s’opère dès les premiers mois de vie et arrive à maturation à l’âge de 12 mois (3) Une dysbiose pulmonaire marquée par l’appauvrissement en P. catoniae est un facteur de risque de colonisation précoce à P. aeruginosa (4) L’antibiothérapie d’éradication de P. aeruginosa s’accompagne d’une recolonisation à P. catoniae